Nous construisons des compactifications toroïdales arithmétiques du champ de modules des variétés abéliennes principalement polarisées munies d'une structure de niveau parahorique. Pour ce faire, nous étendons la méthode de Faltings et Chai [?] à un cas de mauvaise réduction. Le voisinage du bord des compactifications obtenues n'est pas lisse, mais a pour singularités celles des champs de modules de variétés abéliennes avec structure parahorique de genre plus petit. Nous sommes amenés à reprendre la construction des compactifications sans niveau de Faltings et Chai, en modifiant l'étape d'approximation pour préserver le groupe de $p$-torsion des variétés abéliennes. Nous donnons comme application une nouvelle preuve de l'existence du sous-groupe canonique pour des familles de variétés abéliennes.